Zasada działania szyfru sylabowego jest prosta, wystarczy podstawić za literkę w szyfrowanym wyrazie literkę, która jest w parze w wybranym przez nas szyfrze sylabowym. Jeśli literka ta nie występuje w danym szyfrze, przepisujemy ją bez zmian.
Przykład - zaszyfrowane słowo "harcerz" szyfrem GA-DE-RY-PO-LU-KI:
HGYCDYZ